今から約1200年前、坂上田村麻呂の東征の際の創建と伝えられ、「赤崩山白鳥大明神」と名付けられた。その後、長井・伊達・蒲生・上杉と歴代の藩主に尊崇され、文禄2年（1593年）の藩主・蒲生氏郷（がもううじさと）により、長井郷44ヶ所の神社が合祀され、社号を「總宮大明神」と改められた。
また置賜野川の上流にある奥ノ院「三淵神社」には悲恋の「卯の花姫」伝説が伝わり、黒獅子の起源が伝わる神社でもある。境内の宝物殿には直江兼続の奉献した刀剣が、そして手植えされたと伝わる９本の「直江杉」が今もなお残っている。
