江戸幕府が倒れて明治元年（１８６８）、下北地方は一時、弘前藩などに属しますが、明治２年に斗南藩支配となり、明治４年（１８７１）の廃藩置県により斗南県、のち青森県に属しました。明治４年の大区・小区制の実施により、今日の東通村の骨格が形成されました。明治２２年（１８８９）に、町村制が施行され、地方自治体として発足しました。しかし、集落が点在していたために、役場庁舎を隣の田名部町に置かざるを得ませんでした。現在の東通村の行政区は、２９になっています。百年もの間、役場庁舎を村内に置けませんでしたが、昭和６３年（１